1801年、朝鮮時代――第22代国王・正祖（チョンジョ）亡き後を継いだ幼き王、純祖（スンジョ）に変わり曾祖母の貞純（チョンスン）王后が権力を握ると、天主教（カトリック）に対する迫害を行い、正祖の側近たちを追放した。熱心なカトリック教徒であった天才学者 丁若銓（チョン・ヤクチョン）も黒山島（フクサンド）に配流される。突然現れた都会の香りのする知識人の若銓に戸惑いながらも、あたたかくもてなそうとする島民たち。生活は貧しいが、多くの海洋生物が生きる豊かな海と美しい自然、何より素朴で親切な人々に出会い心がほどけていく若銓。次第に深遠な海の生き物たちの魅力にとりつかれ、庶民のための“海洋生物学書”を書き記したい欲望が生まれていく。島民の中に誰より海の生き物に詳しい若き漁夫・昌大（チャンデ）がいることを知った若銓は、学問を教える代わりに海についての知識を自分に伝授するよう取引を持ちかける……。
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